国家知识产权局专利局内设机构：
一、办公室
1 负责局文秘、机要、信访、档案、宣传等工作；
2 负责局工作计划和财务计划的制定；
3 负责局财务、国有资产、行政事务的管理工作；
4 受国家知识产权局委托，管理国家知识产权局系统的房产和基建工作；
5 参与行政复议及行政诉讼的应诉工作；
6 负责局外事接待工作；
7 完成局交办的其它工作。
二、党委
1 负责组织实施局党的思想、政治、作风建设工作；
2 负责开展马列主义基本理论和思想在政治教育活动及精神文明建设的有关工作；
3 负责局党员和党务干部的日常教育、管理、培训及党员发展工作；
4 参与领导干部的考核(察)与民主评议工作；
5 负责对局属各部门的专利执法和廉政建设的监督检查工作;
6 负责接待和受理纪检监察信访举报和申诉工作；
7 负责领导和指导工、青、妇等群众组织的工作；
8 负责局统战工作;
9 完成局党组及直属机关党委交办的其他工作。
三、人事教育部
1 负责组织制定局有关人事、劳资、教育、保卫、保密和防火等方面的规章制度与管理办法；
2 组织制定并实施局人事教育工作的发展规划与计划；
3 负责局机关及下属单位的机构设置和人员编制的管理；
4 负责局机关及下属单位人员的专业技术职务（职称）的评任（聘）工作以及专利代理系列职称代评工作；
5 负责局干部管理权限内所管人员的录用、任免、调配(交流)、考核(察)和奖惩；负责干部退休和人事档案管理工作；
6 负责局机关及下属单位人员的工资、福利和考勤管理工作；
7 负责局机关及下属人员的教育、培训和出国进修管理工作；
8 受国家知识产权局委托，负责国家知识产权局系统的安全保卫、保密和防火工作；
9 参与知识产权局智力引进工作和全国专利系统培训工作；
10 负责国家知识产权局人才资源办公室的日常管理工作；
11 完成局交办的其它工作。
四、审查业务管理部
1 研究和拟定专利审查工作中、长期发展规划和重要政策措施，制定和调整审查工作的年度计划；
2 调整和平衡各部门审查工作或事务处理工作的定额标准；拟定审查奖励的政策，负责超额奖励政策的执行；
3 提出审查指南和办事规程的修改意见，组织审查业务指导委员会的工作会议，拟定审查指南公报或审查工作规程、规章并组织实施；
4 制定和调整审查工作质量管理办法和标准；组织局实审和初审质量检查；
5 负责专利审批流程中各业务部门之间及与涉外代理机构之间的协调工作；
6 协调和统一全局审查用表格、审查用标准语段工作，参与审查用标准语段计算机辅助审查系统的建设；
7 组织开展审查业务研究活动，编辑出版审查业务通讯；
8 负责新审查员的培训和审查员审查业务知识的更新；
9 负责实审部审查过程中申请文档的交接、管理和相应的数据采集、期限监控和统计工作；
10 完成局交办的其它工作。
五、自动化部
1负责提出局信息化工作中长期规划和年度计划方案，并组织和协调实施工作；
2负责局专利信息资源的宏观管理，管理信息化设备和信息化项目，并负责局信息安全工作；
3负责全国专利系统信息化建设工作的组织实施；
4参与国家信息化的相关工作；
5参与知识产权信息化工作的国际合作与交流；
6完成局交办的其他工作。
六、初审及流程管理部
1 负责受理专利申请
2 负责接受专利申请的中间文件及其他各类请求文件；
3 负责发明专利申请初步审查；
4 负责专利档案的管理；
5 负责颁发专利证书；
6 负责编辑出版专利公报和专利说明书；
7 负责收取并管理专利费用；
8 负责和组织发明、实用新型专利申请的分类及研究工作。
七、机械发明审查部
机械发明审查部成立于专利局建局之初，是专利局设置比较早的部门之一。目前设有：轻纺处、切削加工处、动力处、包装处、交通运输处、无切削加工处和传动处7个业务处，承担农林畜牧业、渔业、食品与烟草加工、纺织加工处理、矿产勘探与加工、机械加工、交通运输、武器弹药等相关领域内发明专利申请的实质审查和PCT国际检索及国际初审等工作。
八、电学发明审查部
负责计算机、半导体、元器件、电力技术等技术领域的发明专利申请的实质审查。
九、通信发明审查部
负责通信、网络、图像、信息记录等技术领域的发明专利申请的实质审查。
十、医药生物发明审查部
负责药品、生物工程、食品工程等技术领域的发明专利申请的实质审查。
十一、化学发明审查部
负责有机化学、高分子化学、药物化学、农业化学等技术领域的发明专利申请的实质审查。
十二、光电技术发明审查部
负责光学工程、自动控制、计量、分析仪器、医疗仪器、影像仪器等技术领域的发明专利申请的实质审查。
十三、材料工程发明审查部
负责无机材料、材料加工、化学工程、石油、冶金、热能、建筑与环境工程等技术领域的发明专利申请的实质审查。
十四、实用新型审查部
实用新型审查部是国家知识产权局专利局的职能部门，主要负责实用新型专利申请的初步审查，实用新型专利申请档案的管理，以及其他有关业务工作，下辖七个处，其中包括四个审查处、两个流程管理处和一个研究处，共计158人。
十五、外观设计审查部
1负责外观设计专利申请的分类、审查与授权；
2负责外观设计专利申请授权前及授权后的流程管理和事务处理；
3负责外观设计专利申请和专利档案的管理；
4负责外观设计专利申请和专利各项费用的处理；
5负责外观设计专利申请的专利权人、申请人、设计人、代理机构等著录项目的变更；
6负责外观设计的研究和学术工作；
7负责外观设计和工业设计的评审活动；
8负责与外观设计专利申请和专利有关的查询及接待；
9出具外观设计专利申请和专利的有关证明；
10完成局交办的其他工作。
十六、专利文献部
1 负责专利文献的收集和国际交换；
2 负责建立、制备和管理审查用检索档案（包括专利文献和非专利文献）；
3 负责专利文献馆的工作，向社会提供专利信息服务；
4 负责全国专利文献网络和信息服务的业务指导工作；
5 负责专利文献的研究。